由于对历史的缺乏了解和影视剧的误导，很多人一直认为孙中山死后，蒋介石就是国民政府职务最高的人物，但实际上蒋介石虽然掌握着国民政府的军权、财权和行政权，但直到抗战末期，他都并非是国民政府的最高官员。当时中华民国的最高职务并不是总统，而是政府主席，而这个职务一直由元老林森担任，蒋介石在他面前也要恭敬地喊一声“主席好！”
1943年5月12日，林森乘坐专车前往重庆国民政府大楼出席加拿大公使递交国书的仪式，不曾想在半路上意外撞上了一辆军车。林森当即被甩出车外，好在他并无大碍，在司机的搀扶之下上车离去。
由于林森是中华民国名义上的元首，他因病入院之后，、罗斯福、丘吉尔等人都派代表前去探望，可见林森本人的威望和影响力还是很高的。
经过两个星期的入院治疗，林森的病情很快好转，5月26日便出院，回家疗养。原本林森已无大碍，但是到了7月31日晚，其病情突然加重，并于次日病逝。这个消息很快震惊了全国，因为此前的所有迹象表明林森已经康复，现在突然去世，着实令人感到蹊跷。
很快蒋介石就成了最大嫌疑人，因为蒋介石命军统等为自己暗中铲除异己的行为，早已是司空见惯，而蒋与林之间面和心不和，也是人尽皆知的事情。林森死后，蒋介石顺理成章地当上了国民政府主席，成为中华民国名副其实的最高元首。
因此，客观上看，暗杀林森，蒋介石既有动机，也有能力，更是既得利益者，于是乎他便成了最大的嫌疑人。
不过，也有人认为蒋介石并没有下令暗杀林森，或者说林森并不是死于暗杀，而是自然死亡。理由有两条，一个是林森当时已经是76岁高龄，经过一次剧烈撞击，又出现了脑溢血的症状，即便恢复良好，也不能和年轻人相比，病情突然恶化也在正常范围之内。后期，医生的检查也未发现异常。
另外一点，尽管蒋介石具备一切杀林森的条件，但是他并没有必要去杀林森，这个国民政府主席的虚名，他也看不上。据说蒋介石还曾经就此事专门询问过戴笠，问戴笠“是否是你下的手”，戴笠当场保证绝无此事。
后人可能对军统这个机构有所误解，尽管军统听起来很可怕，并且具有相当的特权，但是军统以及戴笠在国民政府正规体系中的地位并不高。军统四处搞暗杀，但绝对不敢轻易动高官，尤其是同盟会元老级别的人物，除非蒋介石亲自下令，不然戴笠也得吃不了兜着走。
1931年，蒋介石在政治斗争中下野，但是依旧掌握着军权，当时国民政府需要推选一位国家元首，经过各方势力的较量和妥协，最终林森得到胡汉民、蒋介石的支持，出任国民政府主席这个虚职，但蒋介石仍旧掌握着实权。
林森是个对局势观察非常敏锐的政治家，他知道自己没有实力扳倒蒋介石，但是自己在这个位置上多少还是可以起到一些作用。他清楚只要自己不触碰到蒋介石的核心利益，蒋介石不敢对自己怎么样，再说他背后还有一众元老和实力派的支持。
西安事变期间，林森坚决反对何应钦出兵西安的主张，最后还到机场亲自迎接蒋介石。不过他从未对蒋介石低三下四，在接机现场，所有人都主动上前问候蒋介石，唯独林森岿然不动。蒋介石夫妇最后还要主动上前问候林森，林森甚至都没有一句客气话。但是蒋介石并没有因此生气，反而觉得作为晚辈能够得到前辈的训斥是理所当然。
不过林森并非毫无主张，大革命时期，林森对蒋介石基本上是听之任之，不管不问，尽量避免与其接触。抗战爆发后，林森坚决主张联共抗战，绝不向日寇妥协。皖南事变之后，林森更是直接批评蒋介石不顾大局。在这些方面，二人确实有分歧，但是林森主张抗日并没有错，蒋介石也没有因为有人主张抗日而进行暗杀迫害，他忌惮的还是通共。
因此，客观上来分析，现在普遍认为林森应该不是遭蒋介石暗杀而死，其死因大概率与医生的检查结果一致，系年迈及旧伤复发导致。
蒋介石之所以会背上这口黑锅，也是因为他做得坏事太多，戴笠手上血债累累，正所谓多行不义必自毙。蒋介石也因为自己的所作所为，导致和国民政府的最终崩溃！